O controle das infecções sexualmente transmissíveis (IST), das hepatites virais, do vírus HIV e da Aids é a principal atribuição desta gerência, que coordena atividades de prevenção, diagnóstico e tratamento dos casos, bem como planeja, orienta, coordena e supervisiona as atividades de Vigilância Epidemiológica relacionadas a estes agravos.

O trabalho é feito em parceria com diversos setores da Secretaria Estadual de Saúde (SES), coordenações municipais e entidades da sociedade civil organizada que trabalham com esses agravos. As atividades são realizadas em consonância com os princípios do SUS e com os Protocolos Clínicos e Diretrizes Terapêuticas (PCDTs) do Ministério da Saúde.

A logística das testagens rápidas de sífilis, HIV, hepatite B e C, dos insumos de prevenção (preservativos masculinos, femininos e gel lubrificante) e da fórmula infantil para lactentes de 0 a 6 meses, filhos de mães HIV positivo, também são atribuições desta gerência.